明崇祯十三年(1640)始建,清顺治十八年(1661)迁界时毁,康熙二十六年(1687)靖海候施琅重建。祠占地面积约1500平方米,坐北向南,由门、正厅、后堂及厢房组成,前设院埕。正厅面阔五间,进深二间。正厅及后堂前有石铺天井。主体建筑与厢房之间有火巷。祠内存清康熙二十八年(1671)施琅撰《衙口施氏大宗祠记事碑》,康熙皇帝褒奖施世伦的“天下第一清官”匾额。